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带电残基对多肽分子自组装形貌影响微观机制的副本交换分子动力学模拟研究
邓礼; 周鹏; 赵玉荣; 王延颋; 徐海
2014-07-23
Conference Name中国化学会第三届全国生物物理化学会议暨国际华人生物物理化学发展论坛
Conference Place中国山东青岛
Country中国
Abstract多肽自组装过程中,分子间的静电,氢键,范德华相互作用以及分子本身的位阻等相互竞争与合作决定了多肽自组装的最终形貌。我们的实验研究发现具有相同氨基酸组分而带电残基顺序不同的多肽分子IIIIKK(I4K2)以及KIIIIK(KI4K)能够自组装形成完全不同的介观形貌。通过全原子的副本交换模拟,我们详细地研究了两种多肽分子自组装微观结构差异的微观机制。研究发现,在常温下两种分子都具有很强的形成?-sheet结构的趋势,然而两种多肽分子具有完全不同的自由能曲面。由于两个分子具有相同的强疏水核,因此两种分子都很易聚集,而多肽分子主链之间氢键的协同作用能够维持?-sheet结构稳定,但是由于两种分子带电残基在分子中具有不同的分布,这导致不同分子自组装的微观构型具有明显不同的静电相互作用模式,从而引起了自由能曲面的差异。通过仔细分析两种分子稳定的微观?-sheet构型,I4K2分子组装的?-sheet结构相对于KI4K的组装体形变更大并且相邻分子间的扭转更大。根据Aggeli的层级组装理论,I4K2介观组装体的宽度将小于KI4K,这也就解释了实验中观测到的结果。
Keyword多肽自组装 副本交换 分子动力学模拟 层级组装
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Indexed ByCSCD
Language中文
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Document Type会议论文
Identifierhttp://ir.itp.ac.cn/handle/311006/26857
CollectionCNKI会议论文
Affiliation1.中国石油大学(华东)生物工程与技术中心
2.中国科学院理论物理研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
邓礼,周鹏,赵玉荣,等. 带电残基对多肽分子自组装形貌影响微观机制的副本交换分子动力学模拟研究[C],2014.
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