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中国科学院理论物理研究所机构知识库
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ProALIGN: Directly Learning Alignments for Protein Structure Prediction via Exploiting Context-Specific Alignment Motifs
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022
作者:
Kong, Lupeng
;
Ju, Fusong
;
Zheng, Wei-mou
;
Zhu, Jianwei
;
Sun, Shiwei
;
Xu, Jinbo
;
Bu, Dongbo
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提交时间:2023/01/16
SERVER
Seq-SetNet: directly exploiting multiple sequence alignment for protein secondary structure prediction
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 38, 期号: 4, 页码: 990-996
作者:
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Zhang, Qi
;
Wei, Guozheng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(700Kb)
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浏览/下载:74/0
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提交时间:2023/01/16
RECOGNITION
FRAGMENTS
FOLD
CopulaNet: Learning residue co-evolution directly from multiple sequence alignment for protein structure prediction
期刊论文
NATURE COMMUNICATIONS, 2021, 卷号: 12, 期号: 1, 页码: 2535
作者:
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Shao, Bin
;
Kong, Lupeng
;
Liu, Tie-Yan
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(1959Kb)
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浏览/下载:151/0
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提交时间:2021/09/27
CONTACTS
POTENTIALS
Scaling Regimes of Active Turbulence with External Dissipation
期刊论文
PHYSICAL REVIEW X, 2021, 卷号: 11, 期号: 3, 页码: 31065
作者:
Martinez-Prat, Berta
;
Alert, Ricard
;
Meng, Fanlong
;
Ignes-Mullol, Jordi
;
Joanny, Jean-Francois
;
Casademunt, Jaume
;
Golestanian, Ramin
;
Sagues, Francesc
Adobe PDF(1495Kb)
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浏览/下载:73/0
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提交时间:2023/01/16
HYDRODYNAMICS
TRANSITIONS
DYNAMICS
FLUID
A Decrease in Transcription Capacity Limits Growth Rate upon Translation Inhibition
期刊论文
MSYSTEMS, 2020, 卷号: 5, 期号: 5, 页码: e00575-20
作者:
Zhang, Qing
;
Brambilla, Elisa
;
Li, Rui
;
Shi, Hualin
;
Lagomarsino, Marco Cosentino
;
Sclavi, Bianca
Adobe PDF(698Kb)
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提交时间:2020/11/26
RNA-POLYMERASE AVAILABILITY
ESCHERICHIA-COLI
RIBOSOMAL-RNA
GENE-EXPRESSION
PPGPP
EFFICIENCY
PROMOTERS
SUBUNITS
(P)PPGPP
REVEALS
ISSEC: inferring contacts among protein secondary structure elements using deep object detection
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 503
作者:
Zhang, Qi
;
Zhu, Jianwei
;
Ju, Fusong
;
Kong, Lupeng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(1906Kb)
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提交时间:2021/09/27
HELIX-HELIX INTERACTIONS
INVERSE COVARIANCE ESTIMATION
RESIDUE CONTACTS
BETA-SHEETS
PREDICTION
MEMBRANE
Cell Size Is Coordinated with Cell Cycle by Regulating Initiator Protein DnaA in E. coli
期刊论文
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020, 卷号: 119, 期号: 12, 页码: 2537-2557
作者:
Zhang, Qing
;
Zhang, Zhichao
;
Shi, Hualin
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提交时间:2021/09/27
RATE-DEPENDENT CONTROL
GROWTH-RATE CONTROL
ESCHERICHIA-COLI
REPLICATION INITIATION
CHROMOSOME-REPLICATION
STRINGENT RESPONSE
BACILLUS-SUBTILIS
GENE-EXPRESSION
ATP HYDROLYSIS
DIVISION CYCLE
Multiscale computational prediction of beta-sheet peptide self-assembly morphology
期刊论文
MOLECULAR SIMULATION, 2020, 页码: 暂无
作者:
Deng, Li
;
Wang, Yanting
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提交时间:2020/06/16
MOLECULAR-DYNAMICS METHOD
INTERMOLECULAR FORCES
PROTEIN AGGREGATION
NANOMECHANICS
POLYMORPHISM
SIMULATIONS
TRANSITIONS
NANOTUBES
FIBRILS
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Quantitative Connection between Cell Size and Growth Rate by Phospholipid Metabolism
期刊论文
CELLS, 2020, 卷号: 9, 期号: 2, 页码: 391
作者:
Zhang, Zhichao
;
Zhang, Qing
;
Guan, Shaohua
;
Shi, Hualin
Adobe PDF(5719Kb)
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提交时间:2020/06/16
HAEMOPHILUS-INFLUENZAE RD
GRAM-NEGATIVE BACTERIA
ESCHERICHIA-COLI
OUTER-MEMBRANE
FATTY-ACID
GUANOSINE TETRAPHOSPHATE
CARDIOLIPIN SYNTHASE
ADAPTIVE EVOLUTION
ENVELOPE
MODEL
Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 135
作者:
Wang, C
;
Wei, Y
;
Zhang, HC
;
Kong, LP
;
Sun, SW
;
Zheng, WM
;
Bu, DB
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提交时间:2019/07/19
TERTIARY STRUCTURES
FRAGMENTS