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中国科学院理论物理研究所机构知识库
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WOS被引频次升序
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Theoretical analysis of RNA polymerase fidelity: a steady-state copolymerization approach
期刊论文
COMMUNICATIONS IN THEORETICAL PHYSICS, 2022, 卷号: 74, 期号: 1, 页码: 15601
作者:
Fu, Wenbo
;
Li, Qiushi
;
Song, Yongshun
;
Shu, Yaogen
;
Ouyang, Zhongcan
;
Li, Ming
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提交时间:2023/01/16
MECHANISM
TRANSCRIPT
ACCURACY
CLEAVAGE
ERRORS
Balanced biosynthesis and trigger threshold resulting in a double adder mechanism of cell size control
期刊论文
COMMUNICATIONS IN THEORETICAL PHYSICS, 2021, 卷号: 73, 期号: 8, 页码: 85601
作者:
Li, Leilei
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提交时间:2021/09/27
ESCHERICHIA-COLI
CHROMOSOME-REPLICATION
PROTEIN-DEGRADATION
GROWTH
HOMEOSTASIS
DIVISION
INITIATION
CYCLE
ADAPTATION
BACTERIA
A Decrease in Transcription Capacity Limits Growth Rate upon Translation Inhibition
期刊论文
MSYSTEMS, 2020, 卷号: 5, 期号: 5, 页码: e00575-20
作者:
Zhang, Qing
;
Brambilla, Elisa
;
Li, Rui
;
Shi, Hualin
;
Lagomarsino, Marco Cosentino
;
Sclavi, Bianca
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提交时间:2020/11/26
RNA-POLYMERASE AVAILABILITY
ESCHERICHIA-COLI
RIBOSOMAL-RNA
GENE-EXPRESSION
PPGPP
EFFICIENCY
PROMOTERS
SUBUNITS
(P)PPGPP
REVEALS
Cell Size Is Coordinated with Cell Cycle by Regulating Initiator Protein DnaA in E. coli
期刊论文
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020, 卷号: 119, 期号: 12, 页码: 2537-2557
作者:
Zhang, Qing
;
Zhang, Zhichao
;
Shi, Hualin
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提交时间:2021/09/27
RATE-DEPENDENT CONTROL
GROWTH-RATE CONTROL
ESCHERICHIA-COLI
REPLICATION INITIATION
CHROMOSOME-REPLICATION
STRINGENT RESPONSE
BACILLUS-SUBTILIS
GENE-EXPRESSION
ATP HYDROLYSIS
DIVISION CYCLE
Quantitative Connection between Cell Size and Growth Rate by Phospholipid Metabolism
期刊论文
CELLS, 2020, 卷号: 9, 期号: 2, 页码: 391
作者:
Zhang, Zhichao
;
Zhang, Qing
;
Guan, Shaohua
;
Shi, Hualin
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提交时间:2020/06/16
HAEMOPHILUS-INFLUENZAE RD
GRAM-NEGATIVE BACTERIA
ESCHERICHIA-COLI
OUTER-MEMBRANE
FATTY-ACID
GUANOSINE TETRAPHOSPHATE
CARDIOLIPIN SYNTHASE
ADAPTIVE EVOLUTION
ENVELOPE
MODEL
Optimal Allocation of Bacterial Protein Resources under Nonlethal Protein Maturation Stress
期刊论文
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2018, 卷号: 115, 期号: 5, 页码: 896-910
作者:
Zhang, Q
;
Li, R
;
Li, JB
;
Shi, HL
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提交时间:2018/12/27
ESCHERICHIA-COLI PROTEOME
SIGMA-FACTOR COMPETITION
GENE-EXPRESSION
RNA-POLYMERASE
OXIDATIVE STRESS
GROWTH-INHIBITION
CELL-GROWTH
TRANSLATION
RATES
OVERPRODUCTION
Molecular dynamics simulation study of the "stay or leave" problem for two magnesium ions in gene transcription
期刊论文
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 85, 期号: 6, 页码: 1002-1007
作者:
Wu, SG
;
Wu, SG (reprint author), Sichuan Normal Univ, Coll Chem & Mat Sci, Chengdu 610066, Peoples R China.
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提交时间:2017/12/21
Molecular Dynamics Simulation
T7 Rna Polymerase
Magnesium Ion
Transcription Mechanism
Free Energy
Mechanism of NTP Binding to the Active Site of T7 RNA Polymerase Revealed by Free-Energy Simulation
期刊论文
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2017, 卷号: 112, 期号: 11, 页码: 2253-2260
作者:
Wu, SG
;
Li, LC
;
Li, Q
;
Wu, SG (reprint author), Sichuan Normal Univ, Coll Chem & Mat Sci, Chengdu, Peoples R China.
;
Wu, SG (reprint author), Chinese Acad Sci, Inst Theoret Phys, State Key Lab Theoret Phys, Beijing, Peoples R China.
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提交时间:2017/12/21
Proofreading of DNA polymerase: a new kinetic model with higher-order terminal effects
期刊论文
JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, 2017, 卷号: 29, 期号: 2, 页码: 25101
作者:
Song, YS
;
Shu, YG
;
Zhou, X
;
Ou-Yang, ZC
;
Li, M
;
Li, M (reprint author), Univ Chinese Acad Sci, Sch Phys Sci, 19A Yuquan Rd, Beijing 100049, Peoples R China.
Adobe PDF(2168Kb)
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提交时间:2017/12/21
Dna Polymerase
Proofreading
Kinetics
Fidelity
Higher-order Terminal Effects
Mechanism of pyrophosphate ion release in T7 RNA polymerase revealed by free energy simulations
期刊论文
COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY, 2016, 卷号: 1094, 页码: 127-132
作者:
Wu, SG
;
Jiang, MQ
;
Liu, L
;
Wu, SG (reprint author), Sichuan Normal Univ, Coll Chem & Mat Sci, Chengdu 610068, Peoples R China.
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提交时间:2017/10/13
Molecular Dynamics Simulation
T7 Rna Polymerase
Ppi Release
Potential Of Mean Force