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中国科学院理论物理研究所机构知识库
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Accurate and efficient protein sequence design through learning concise local environment of residues
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2023, 卷号: 39, 期号: 3, 页码: btad122
作者:
Huang, Bin
;
Fan, Tingwen
;
Wang, Kaiyue
;
Zhang, Haicang
;
Yu, Chungong
;
Nie, Shuyu
;
Qi, Yangshuo
;
Zheng, Wei-Mou
;
Han, Jian
;
Fan, Zheng
;
Sun, Shiwei
;
Ye, Sheng
;
Yang, Huaiyi
;
Bu, Dongbo
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提交时间:2023/12/07
COMPUTATIONAL DESIGN
PROLINE
ProALIGN: Directly Learning Alignments for Protein Structure Prediction via Exploiting Context-Specific Alignment Motifs
期刊论文
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022
作者:
Kong, Lupeng
;
Ju, Fusong
;
Zheng, Wei-mou
;
Zhu, Jianwei
;
Sun, Shiwei
;
Xu, Jinbo
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(3588Kb)
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浏览/下载:153/0
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提交时间:2023/01/16
SERVER
Seq-SetNet: directly exploiting multiple sequence alignment for protein secondary structure prediction
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2022, 卷号: 38, 期号: 4, 页码: 990-996
作者:
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Zhang, Qi
;
Wei, Guozheng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(700Kb)
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浏览/下载:74/0
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提交时间:2023/01/16
RECOGNITION
FRAGMENTS
FOLD
ISSEC: inferring contacts among protein secondary structure elements using deep object detection
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2020, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 503
作者:
Zhang, Qi
;
Zhu, Jianwei
;
Ju, Fusong
;
Kong, Lupeng
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
Adobe PDF(1906Kb)
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浏览/下载:162/0
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提交时间:2021/09/27
HELIX-HELIX INTERACTIONS
INVERSE COVARIANCE ESTIMATION
RESIDUE CONTACTS
BETA-SHEETS
PREDICTION
MEMBRANE
Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 页码: 135
作者:
Wang, C
;
Wei, Y
;
Zhang, HC
;
Kong, LP
;
Sun, SW
;
Zheng, WM
;
Bu, DB
Adobe PDF(1618Kb)
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提交时间:2019/07/19
TERTIARY STRUCTURES
FRAGMENTS
Correction to: Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning (vol 20, 537, 2019)
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 616
作者:
Zhang, Haicang
;
Zhang, Qi
;
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Gao, Yujuan
;
Xie, Ziwei
;
Deng, Minghua
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
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提交时间:2020/06/16
Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling
会议论文
BMC BIOINFORMATICS, Wuhan, PEOPLES R CHINA, JAN 14-16, 2019
作者:
Wang, C
;
Wei, Y
;
Zhang, HC
;
Kong, LP
;
Sun, SW
;
Zheng, WM
;
Bu, DB
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提交时间:2019/07/24
TERTIARY STRUCTURES
FRAGMENTS
Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2019, 卷号: 20, 期号: 1, 页码: 537
作者:
Zhang, Haicang
;
Zhang, Qi
;
Ju, Fusong
;
Zhu, Jianwei
;
Gao, Yujuan
;
Xie, Ziwei
;
Deng, Minghua
;
Sun, Shiwei
;
Zheng, Wei-Mou
;
Bu, Dongbo
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提交时间:2020/06/16
COUPLING ANALYSIS
SEQUENCE
EVOLUTIONARY
INFORMATION
NETWORKS
RANK
Improving protein fold recognition by extracting fold-specific features from predicted residue-residue contacts
期刊论文
BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 33, 期号: 23, 页码: 3749-3757
作者:
Zhu, JW
;
Zhang, HC
;
Li, SC
;
Wang, C
;
Kong, LP
;
Sun, SW
;
Zheng, WM
;
Bu, DB
;
Bu, DB (reprint author), Chinese Acad Sci, Inst Comp Technol, Key Lab Intelligent Informat Proc, Beijing 100190, Peoples R China.
;
Zheng, WM (reprint author), Chinese Acad Sci, Inst Theoret Phys, Beijing 100190, Peoples R China.
Adobe PDF(1478Kb)
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提交时间:2017/12/21
Improving prediction of burial state of residues by exploiting correlation among residues
期刊论文
BMC BIOINFORMATICS, 2017, 卷号: 18, 页码: 70
作者:
Gong, HE
;
Zhang, HC
;
Zhu, JW
;
Wang, C
;
Sun, SW
;
Zheng, WM
;
Bu, DB
;
Bu, DB (reprint author), Chinese Acad Sci, Inst Comp Technol, Key Lab Intelligent Proc, Beijing 100190, Peoples R China.
;
Zheng, WM (reprint author), Chinese Acad Sci, Inst Theoret Phys, Beijing 100190, Peoples R China.
Adobe PDF(1505Kb)
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提交时间:2017/12/21
Protein Structure
Burial States Of Residue
Conditional Random Field
Residue Correlation